El Club Deportivo Universidad César Vallejo fue fundado el 6 de enero de 1996 gracias a la iniciativa del Ingeniero César Acuña Peralta. El club nace con el objetivo de promover el más tradicional de los deportes entre los jóvenes estudiantes de la Universidad César Vallejo de Trujillo. Por encargo del Rector - Fundador de esta joven casa de estudios es el profesor Aniceto Vásquez Pérez, actual Gerente Deportivo, quien se encargó de elaborar los estatutos y realizar la inscripción del equipo en la Liga Distrital de Fútbol de Trujillo.

Escudo Universidad Cesar Vallejo

A pesar de que varios clubes de primera división ofrecían vender su categoría a la UCV, los directivos tomaron la decisión de jugar desde la tercera división con el objetivo de darle una identidad propia a este nuevo equipo. Sabia decisión, pues a la fecha, el equipo se constituye en el más exitoso del fútbol liberteño de la última década. El Club Deportivo Universidad César Vallejo inició su participación en Tercera División de la liga de Trujillo en donde logra el título el año 1997. Al año siguiente, participa en el torneo de Segunda División obteniendo el primer lugar, ganando el derecho de participar en la máxima división del fútbol trujillano.